由试管菌种转扩到菌种瓶中的菌种即为原种，也称二级菌种。1支长试管斜面母种可以生产10~15瓶原种。羊肚菌原种可在当年的9~10月份生产，原种在20~30d满瓶后，立即生产栽培种，在10~11月底必须满瓶。以保证栽培后发菌1个月，在4月前的最佳出菇期出菇。
原种培养料配方
小麦95%，稻壳3%，石膏1%，碳酸钙1%。
小麦95%，木屑3%，石膏1%，碳酸钙1%。
小麦50%，木屑40%，麩皮17%，磷肥、石膏、碳酸钙各1%。
小麦39%，平菇、金针菇出菇干废料38%，米糠20%，石膏碳酸钙各1%。
小麦60%，米糠19%，细木屑19%，石膏、碳酸钙各1%。
谷粒80%，杂木屑5%，米糠10%，磷肥、石膏各1.5%，酸钙2%
小麦26%，杂木屑26%，谷壳26%，米糠20%，磷肥1%，石膏1%。
小麦71%，木屑20%，麩皮5%，玉米面3%，
小麦61%，玉米芯30%，麩皮5%，玉米面3%，石灰1%
小麦61%、棉籽皮35%、玉米面3%、石灰1%
小麦80%，谷糠15%，玉米面4%，石膏1%。
米糠49%，小麦40%，黄豆面10%，石膏1%
谷糠60%，小麦35%，黄豆面4%，石膏1%
(一)配料
将小麦、谷粒用清水或1%的石灰水浸泡12~16h，过滤，冲洗2~3次，沥干明水:或煮沸15~20min，麦粒煮到涨而不破的状态，立即用清水冲洗冷却，沥干明水，备用。
稻壳用清水或1%的石灰水浸泡24h，沥干明水备用。将干木屑和碳酸钙、石膏、磷肥等干原料拌合均匀，再加入沥干明水的稻壳，充分拌合均匀，检查水分是否能够得到65%。一般水分含量不足，可以适当加水调节。拌合均匀后，堆成锥形，避免用铁铲拍压紧，在堆的四周打3~5个通气孔，用塑料薄膜遮盖发酵24~48h。
将泡好的小麦捞出放在干净的地面上，控净表面水分后，按配方分别加入其他辅料并搅拌均匀即可。
去掉麦粒，用手抓原料，用力捏压，手指尖间或手指缝隙内有水渗出，没有水滴流出即可。若有明水或水滴、水流出现，表明水分过量，必须晾晒几个小时，待水分含量适宜时再进行装瓶。
拌料用水可以是清水，也可以用土壤浸出汁、松针水、木材、平子实体等天然原料的提取液，每kg清水中可以用10~20kg原，原料煮沸20min提取，过滤后取滤液用于拌料也可以适当添加复合微量元素，如0.05%硫酸镁、0.05%硫酸锌、0.01%磷酸二氢钾、0.01%磷酸氢二钾、0.%硫酸亚铁，这样操作菌丝易成活，污染率低，也易形成菌核和子实体。
(二)装瓶
原种生产一般采用mL的玻璃瓶或聚丙烯菌种瓶，用报纸+聚丙烯膜+橡皮筋封口。制作栽培种，通常采用耐高温、高压的聚丙烯塑料袋。将搅拌均匀的菌种培养料装入事前备好的菌种瓶或袋中，菌种瓶盖需透气隔杂菌，尽量使用玻璃瓶以便于观察。瓶内装得培养料不可太密实，粒径不能过小，含水量不可过大，以免严重影响透气性。
装瓶过程中适当蹲瓶即可，不宜太松，也不要挤压太紧。培养料装到菌种瓶的肩部即可，勿齐颈部。装好瓶后将菌种瓶表面用清水清洗或用干净的布擦洗干净，然后进行封口，先盖上双层的废旧报纸，再盖双层的聚丙烯或聚乙烯薄膜。
(三)灭菌
装好瓶后应当天灭菌，不可过夜。高压灭菌需℃保持90-min；常压灭菌需℃保持12h，停火后焖4-5h再揭锅。
(四)接种
一般接种选择在超净工作台上进行，点燃酒精灯，打开封口纸和接种封口膜，把菌种瓶口控制在酒精灯火焰的高热量范围内进行接种。先把接种锄的柄在火焰上通过2~3次，再把头部在火焰上烧红2~3次，插入待接种的菌种瓶中冷却，冷却彻底后挖取母种试管内1~1.5cm长的菌丝体，放入待接种的菌种瓶中，再挖取少量培养料盖住接种块。重新封口，套上橡皮筋。
灭菌后需冷却至18℃以下方可进行接种。接种须在无菌环境中进行，其要求同母种试管接种时一样。一支母种可接5-10瓶原种，一瓶原种可接50-袋栽培种。
(五)培养
接好的原种或栽培种放在12~18℃环境下培养，放置时瓶与瓶(或袋与袋)之间保持2cm间距，不能紧挨以防过热；测温应在瓶堆中间(或袋内)进行。原种约20天可长满，栽培种约25天可满，然后进行下地播种。
在栽培种培养期间，若发现菌丝生长速度越来越慢，可在菌丝面以上1~2cm处，沿水平面扎4个通气孔以促使其下部快速长满菌丝。栽培种长满菌丝应马上使用，在非冷藏条件下切不可过长时间存放。
羊肚菌原种菌丝浓密程度、颜色等上下均匀一致，打开瓶后味香浓无异味；外观和开瓶检查无霉点，无虫害；封口的报纸上无霉变。
（七）原种的保藏与使用
原种菌丝体完全满瓶后应该立即使用。若不能及时使用，可转移到温度为1~6℃的低温冷库中保藏1~2个月，冷库中的空气相对湿度应该低于60%，可以使用干石灰粉降低湿度。
本文综合自自我总结，百度百科，《羊肚菌生物学基础、菌种分离制作与高产栽培术》贺新生著；《羊肚菌栽培新技术》贾乾义著如有侵权，请联系作者删除。如有不实和错误，欢迎批评指正。